Les destructions, les villages rasés, la politique de terre brûlée (attaque et vol du bétail, champs incendiés) forcent les populations à partir (200 000 réfugiés au Tchad et 1,4 millions de déplacés en septembre 2004 ; 300 000 morts et 2,4 millions de personnes déplacées au début 2006).
Le bilan humain s'alourdit depuis février 2003 : meurtres, viols, y compris de fillettes sont rapportés par les témoins dans les camps de réfugiés. Les premières victimes de la crise sont les enfants. Les causes de mortalité infantile sont multiples : sous-nutrition (un bol par jour d'assida, c'est-à-dire d'un mélange de farine et d'eau), maladies diarrhéiques provoquées par la pollution de l'eau, blessures, pneumonies, fièvres.
Les camps de réfugiés : Ardamata, Zalingeï, Mourneï, Niertiti et El-Geneïna. À Riyad, les réfugiés sont essentiellement des femmes et des enfants. Les ONG, le Programme alimentaire mondial et le Haut Commissariat des Nations unies pour les réfugiés se plaignent. Le manque de sécurité gêne le travail des ONG ; plusieurs travailleurs humanitaires soudanais ont été enlevés. Le président soudanais est accusé.
